Trước đây, khi nhắc đến “Kiểm soát nội bộ”, nhiều chủ doanh nghiệp SME (vừa và nhỏ) thường tặc lưỡi: “Công ty nhỏ, người nhà quản lý là chính, cần gì quy trình phức tạp?”. Kiểm soát nội bộ được xem là một thứ “trang sức” xa xỉ, có thì chuyên nghiệp, không có cũng… chẳng sao.
Nhưng từ ngày 01/01/2026, tư duy này sẽ trở thành một rủi ro pháp lý lớn.
Thông tư 99/2025/TT-BTC (thay thế Thông tư 200) không chỉ thay đổi về tài khoản kế toán, mà lần đầu tiên đặt ra yêu cầu pháp lý rõ ràng: Doanh nghiệp phải có trách nhiệm xây dựng Quy chế quản trị và kiểm soát nội bộ. Điều này biến hệ thống kiểm soát nội bộ (Internal Control – IC) từ một lựa chọn quản trị trở thành một “lá chắn” bắt buộc để bảo vệ chi phí và tài sản của doanh nghiệp trước cơ quan thuế.
1. Từ “Nên có” thành “Phải có”: Sự thay đổi tại Điều 3 Thông tư 99
Theo khoản 2, Điều 3 của Thông tư 99/2025/TT-BTC, doanh nghiệp có trách nhiệm ban hành quy chế quản trị nội bộ hoặc các tài liệu tương đương nhằm phân định rõ quyền hạn, trách nhiệm giữa các bộ phận trong mọi giao dịch kinh tế.
Điều này có nghĩa là: Hệ thống quy trình (Quy trình mua hàng, Quy trình tạm ứng, Quy trình thanh toán…) không còn là tài liệu nội bộ muốn làm sao thì làm. Nó chính là cơ sở pháp lý đầu tiên mà cơ quan thanh tra sẽ yêu cầu bạn xuất trình khi kiểm tra tính hợp lý của số liệu kế toán.
2. Tại sao Kiểm soát nội bộ là “Lá chắn” bảo vệ chi phí thuế?
Rất nhiều doanh nghiệp bị cơ quan thuế loại chi phí hợp lý (chi phí được trừ) không phải vì thiếu hóa đơn đỏ, mà vì thiếu quy chế nội bộ để chứng minh tính phục vụ sản xuất kinh doanh của khoản chi đó.
Dưới đây là 3 kịch bản rủi ro điển hình mà T.L.C.Auditing thường gặp và cách Thông tư 99 tác động:
Kịch bản 1: Chi phí công tác phí và tiếp khách
- Tình huống: Giám đốc đi công tác, mang về một xấp hóa đơn khách sạn, vé máy bay, ăn uống tiếp khách.
- Rủi ro: Cơ quan thuế có thể đặt câu hỏi: “Định mức công tác phí của công ty ở đâu? Quy trình duyệt đi công tác như thế nào? Tại sao khách sạn này giá cao bất thường so với quy định?”
- Theo Thông tư 99: Nếu doanh nghiệp không có Quy chế tài chính/Quy chế công tác phí quy định rõ hạn mức và quy trình phê duyệt, cơ quan thuế có cơ sở vững chắc để loại bỏ các khoản chi vượt mức hoặc không rõ mục đích, coi đó là chi phí không phục vụ sản xuất kinh doanh.
Kịch bản 2: Hàng hư hỏng, mất mát
- Tình huống: Kho hàng bị hỏng hóc hoặc mất mát, kế toán hạch toán vào chi phí giá vốn hoặc chi phí khác.
- Rủi ro: Để được tính vào chi phí hợp lý, doanh nghiệp phải có Biên bản kiểm kê và Quyết định xử lý của Hội đồng xử lý.
- Theo Thông tư 99: Quy chế kiểm soát nội bộ sẽ quy định ai là người chịu trách nhiệm kiểm kê, quy trình xử lý ra sao. Nếu hồ sơ xử lý hàng hỏng không tuân thủ đúng quy chế đã ban hành (hoặc không có quy chế), chi phí này sẽ bị bóc tách ngay lập tức.
Kịch bản 3: Tạm ứng và Thu hồi công nợ
- Tình huống: Nhân viên kinh doanh tạm ứng tiền đi thị trường nhưng dây dưa không hoàn ứng.
- Theo Thông tư 99: Việc thiếu quy trình kiểm soát tạm ứng không chỉ gây thất thoát tiền bạc mà còn tạo ra các khoản “treo” trên bảng cân đối kế toán. Khi Thông tư 99 yêu cầu trích lập dự phòng rủi ro chặt chẽ hơn, các khoản tạm ứng quá hạn không có quy chế xử lý sẽ làm xấu đi bức tranh tài chính của doanh nghiệp.
3. Giải pháp từ T.L.C.Auditing: “May đo” tấm khiên cho doanh nghiệp của bạn
Nhiều chủ doanh nghiệp lo ngại: “Xây dựng hệ thống kiểm soát nội bộ (KSNB) tốn kém và cồng kềnh, làm sao doanh nghiệp nhỏ làm nổi?”
Tại T.L.C.Auditing, chúng tôi hiểu rằng KSNB không phải là một bộ tài liệu dày cộp cất trong tủ kính. Nó phải là những quy trình tinh gọn, thực tế, giúp Giám đốc “ngủ ngon” vì biết tiền của mình đang được bảo vệ.
Chúng tôi cung cấp 2 giải pháp chuyên biệt:
Dịch vụ Kiểm toán Nội bộ Thuê ngoài (Outsourced Internal Audit)
- Dành cho ai: Doanh nghiệp muốn có một “con mắt thứ ba” độc lập giám sát hoạt động nhưng không muốn tốn chi phí nuôi cả một phòng ban Kiểm toán nội bộ (lương nhân sự KSNB rất cao).
- Lợi ích: Định kỳ hàng quý/năm, các chuyên gia của TLC sẽ rà soát sự tuân thủ, phát hiện gian lận và rủi ro thất thoát trước khi quá muộn.
Đừng để “mất bò mới lo làm chuồng”. Năm 2026 đã cận kề. Hãy để T.L.C.Auditing giúp bạn xây dựng “lá chắn” pháp lý ngay hôm nay.
Liên hệ tư vấn miễn phí:
- CÔNG TY TNHH T.L.C.AUDITING
- Hotline/Zalo: 0938 734 545 – 0908 534 864 (Mr. Thắng)
